O município tem suas origens na “Fazenda Desabafo”, que se localiza na parte mais alta da mesma. Seu topônimo originou-se da junção de três elementos distintos: Capela por ter como marco de sua fundação a primeira missa realizada em uma pequena capela improvisada; do Alto, porque estava situada no ponto mais alto da Fazenda Desabafo. E Alegre, pelo fato de sua gente expressar atitudes de extrema alegria.
Em decorrência desse fato e da forte discriminação sofrida, a cidade hoje possui dois cemitérios, um para os protestantes e outro para os católicos. Convém lembrar que nos dias atuais católicos e evangélicos vivem harmonicamente nesta sociedade uma prova disso é que já existe católicos enterrados no cemitério protestante.
A fundação da cidade de Capela do Alto Alegre ocorreu aos 17 de abril de 1912, tendo como seu marco de fundação a primeira missa rezada pelo padre Manoel Maria, Pároco de Mairi. Tendo como protagonistas da história da cidade, o Sr. Joaquim Machado, sua esposa, Rosalina Gomes e seu filho adotivo Cornélio Rodrigues dos Santos.
O monte é um o único bem tombado que a cidade possui. A pequena capela e a cruz ficada na parte mais alta do mesmo é símbolo da presença do catolicismo na cidade. A cruz foi trazida por um grupo de missionários que passaram pela localidade chamados de “Santa Missão” por volta do ano 1922.